Hier komen we aan een punt om te wijzen op de grote misstanden op kerkelijk gebied in de late middeleeuwen. Het feit dat het Wamelse kerkgebouw in verval raakte mogen we als een symbool zien voor de situatie waar de Kerk als ‘organisatie’ zich in bevond.
Behalve een pastoor en de rectoren van de twee toen bestaande kloosters, liepen er dus ook nog 5 priesters rond die alleen maar dienst hoefden te doen aan het hun toegewezen altaar. Volgens schattingen had Nederland, boven de Moerdijk, rond het jaar 1500 zeshonderdduizend inwoners terwijl het aantal geestelijken tienduizend bedroeg. Eén op de 60 inwoners hoorde dus op een of andere manier bij de geestelijke stand. Daar stond tegenover dat er bijvoorbeeld in Rotterdam slechts één pastoor was voor 5000 communicanten en in Amsterdam twee voor 20.000 zielen.
Een dorp van 100 inwoners had een eigen pastoor. De pastoors in de grotere steden waren vaak wel ontwikkelde lieden terwijl de pastoraten op het platteland vaak in handen waren van rijke kanunniken, bijvoorbeeld van Xanten, die gebruik maakten van ‘priesterhuurlingen’ van lage stand en geringe ontwikkeling die tegen een kleine vergoeding het pastoraat op een dorp waarnamen. Vaak hadden ze een neven beroep als landbouwer, veeboer en heel vaak van herbergier, omdat een priester geen accijns hoefde te betalen op wijn en bier.
Bisschop Lindanus van Roermond getuigt rond 1570 dat van de 200 pastoors van zijn bisdom er maar tien de gelofte van kuisheid in acht namen.
Het kapittel van de St. Maartenskerk in Zaltbommel telt tien allesbehalve onbesproken kanunniken, sommigen leven met een concubine. De deken van Zaltbommel ‘weet van niets’ maar blijkt achteraf ook een vrouwenjager te zijn.

Een zogenaamde “huiszegen”. Het gebruik van hiervan in het huisgezin moet al oud geweest zijn en ze zullen zijn ontstaan uit gebeden die mondeling werden overgeleverd. Een aanduiding hiervoor is, dat er in Wamel tot eind vorige eeuw een gebed in zwang was, waarin voorkwam: “Van de Noormannen, bevrijdt ons Heer…”.

Vóór het concilie van Trente (1545-1563) stond de ongeldigheid van het priesterhuwelijk niet vast. Men was er kennelijk niet in geslaagd het celibaat strikt te doen naleven. Velen van deze ‘gehuwde’ priesters waren waarschijnlijk ook huisvaders, niet veel beter of slechter dan de gemiddelde parochiaan. Men wist wel dat het officieel niet was toegestaan en een officiële huwelijksinzegening mocht ook niet plaatshebben, maar toch…
Zorgde zo een priester goed voor zijn ‘Huishoudster’ en de bij haar verkregen kinderen, dan namen zijn parochianen hem dat nauwelijks kwalijk en werd hij beschouwd als een goed priester.
Ook de tijd dat zwarte, grauwe en witte monniken, Benedictijnen, Cisterciënzers en Praemonstratensers heidevelden ontgonnen en land inpolderden was al lang voorbij. Vooral de grote abdijen waren zeer welvarend geworden en kwamen steeds meer in het bezit van uitgestrekte landerijen. Zo was in het gewest Groningen een kwart van alle landerijen in het bezit van abdijen, in Friesland bedroeg dat zelfs een derde. Omdat ze bovendien over de goedkoopste arbeidskrachten beschikten, de zogenaamde conversen, werden ze een bedreiging voor de arme boerenbevolking die zware belastingen moesten betalen en regelmatig door horden soldaten werden geplunderd. Vaak waren de kloosternederzettingen, centra van welvaart, oasen van overvloed in een armoedige omgeving. Ook de wereldlijke overheid begon het nadeel van de opeenhoping van goederen in de dode hand in te zien. In 1443 verbood Philips van Bourgondië aan alle kloosterlingen het kopen, erven of ten geschenke ontvangen van vaste goederen. Vaak werd dit gebod overtreden en in 1515 verbood Karel V het zonder zijn toestemming oprichten van nieuwe kloosters.
Rond het midden van de 15de eeuw bepaalde het concilie van Bazel dat de tucht in veel kloosters teruggebracht moest worden tot haar oorspronkelijke gestrengheid. Het zou echter veel tijd en doorzettingsvermogen vragen dit door te drukken. Veel zwervers, een regelmatig voorkomend verschijnsel rond 1500, hadden een Minderbroederspij aangetrokken om zo wat makkelijker aan de kost te komen. Paus Paulus IV wist daar wel raad mee. Rond 1555 liet hij een klopjacht maken op zwervende monniken met als resultaat 200 gevangenen die meteen als galeislaven de zee op werden gestuurd. Toch stonden de bedelorden veel dichter bij de mensen dan de rijke kloosters. Grootgrondbezit was hen niet toegestaan, ze mochten alleen leven van de aalmoezen, die hen door de burgerij gegeven werden.
Vooral in de grotere bevolkingscentra waren deze kloosters de enige toevlucht voor de zeer talrijke armen en vooral ook voor de zieken. Niettemin ontstond er begin van de zestiende eeuw een gespannen verhouding tussen de kerk en het gewone volk. Dat was niet alleen in de Nederlanden maar vooral ook in Duitsland. Daar verkocht de Dominicaner priester Tetzel rond het begin van de 16de eeuw zijn aflaten aan de meest biedenden ten bate van de bouw van de St. Pieter in Rome. Het feit dat men als het ware met geld de eeuwige zaligheid kon kopen was voor de Augustijner monnik Maarten Luther (1483-1546) de aanleiding om op 31 oktober 1517 zijn befaamde 95 stellingen aan te slaan aan de slotkerk van Wittenberg. Dit feit wordt algemeen gezien als het begin van de Hervorming.