Keren we terug naar het jaar 1566. Op 10 augustus bestormen ontevreden inwoners van Steenvoorde onder aanvoering van een monnik het klooster St. Laurentius. In vier weken tijd worden in Vlaanderen, Zeeland en Holland honderden kloosters en kerken geplunderd en vernield. Alva kreeg opdracht alle ketterij bloedig te onderdrukken en voerde extra zware belastingen in. Het gevolg was het uitbreken van de tachtig jarige oorlog in 1568. Met de inname van Den Briel op 1 april 1572 door de Geuzen, begint voor Wamel de misère. Al eind juli is Zaltbommel in handen van de opstandelingen gekomen en wordt Maas en Waal frontgebied. Geuzen en Spanjaarden plunderen er om beurten. Tiel blijft nog in Spaanse handen en op bevel van de Tielse bevelhebber wordt de zware toren van de Wamelse kerk afgebroken om te voorkomen dat de Geuzen hem als uitkijktoren gebruiken.
De Alphense pastoor schrijft dat de Varikse soldaten Turken en Saracenen beter behandelen dan zijn parochianen. Overdag komen de soldaten uit Lith en ‘s nachts die uit Varik. Zij sparen jong noch oud, man noch vrouw en zelfs zwangere vrouwen worden niet gespaard. Uit wraak doden Alphenaren twaalf soldaten. Wellicht herinnert ons nu nog de naam van de buurtschap Moordhuizen aan deze droevige gebeurtenissen uit het jaar 1576.
Roven, branden en moorden dat waren zo de zaken die men van de soldaten kon verwachten. Plus dan natuurlijk de verkrachtingen die vrouwen en meisjes te wachten stonden. Ook de bewoners van Wamel en Dreumel worden zwaar door het oorlogsgeweld getroffen. Rond 1576 is onze streek goeddeels verlaten. In 1587 is de rust in zoverre hersteld dat de dorpen weer enigszins bewoond worden. Nog geen vijfde van de bevolking heeft de oorlog overleefd. Velen zijn gevlucht en niet teruggekeerd.
In 1582 werd de openbare uitoefening van de Roomse godsdienst ook in Maas en Waal van overheidswege officieel verboden. Omdat onze omgeving nog onder Spaans gezag bleef en de ambtman van Maas en Waal Jacob Mom de Protestantse Hervorming min of meer saboteerde, bleef het overgrote deel van de bevolking trouw aan de Katholieke kerk. Dit te meer omdat er ook binnen de Roomse kerk als gevolg van het Concilie van Trente een hervorming ten goede had plaats gevonden. In 1586 zegt de bisschop van Roermond dat er in heel Maas en Waal nauwelijks nog een pastoor over was en alle kerken zwaar beschadigd waren. In 1600 was het H. Vormsel in geen tientallen van jaren meer toegediend.
In 1606 werd vanuit Xanten voor Wamel Everardus Bergius (van den Berg) benoemd als pastoor. Zijn taak was ‘de verstrooide gemeente met goede leeringe, zoveel de tijd mag toelaten, te onderwijzen en te instrueren’. Pastoor van den Berg bleek een goed en vroom katholiek te zijn, die oprecht leefde en waarmee alle inwoners van Wamel zeer tevreden waren.
Wanneer bij het ingaan van het Twaalfjarig bestand in 1609 alle Spaanse invloed uit Maas en Waal verdwijnt, komt de kerk definitief in Protestantse handen en is de uitoefening van de Roomse godsdienst streng verboden. Gedurende het tweede deel van de tachtigjarige oorlog (1621-1648) zijn er nauwelijks priesters aanwezig. Wel klagen de Maas en Waalse predikanten dat er ‘Paapse exercitien plaats vinden in Wamel en Hernen’ en het ergste is nog dat velen in het graafschap Megen -waar de Katholike godsdienst vrij mag worden uitgeoefend- ‘gruwelijke afgoderij’ bedrijven. Ze dringen er bij de overheid op aan hieraan met geweld een eind te maken.
Vanaf 1635 en mogelijk reeds eerder was er sprake van een op gang komende geestelijke verzorging van de Wamelse katholieken. De Jezuït Antonius Stock wordt als eerste vermeld. In 1636 werkt hier Pater Oliverius Callant. Al na enkele maanden vlucht hij weg omdat zijn kleinheid van gestalte al te snel opviel. Vanaf 1644 is er sprake van meer regelmaat in de Wamelse zielzorg, die vanaf 1635 tot 1672 in handen was van de Paters Jezuïeten die in Tiel een statie hadden. Na enkele jaren trokken deze priesters meestal weer weg naar de grotere steden waar ze veiliger konden werken. Alleen Vincentius de la Porte pastoor van 1659-1661 overleed in Wamel en wel ten huize van de adellijke familie De Roever. Hij werd begraven in Megen.
Rond het midden van de zeventiende eeuw was het leven van de katholieken uiterst moeilijk. De huwelijken waren alleen geldig als ze in de Protestantse kerk waren voltrokken. De armenzorg was ook geheel in handen van de gereformeerden en het laat zich denken wat dat voor de vele armen onder de voor 90% Rooms gebleven bevolking betekende. Als de overheid iets te melden had dan gebeurde dat in het Protestantse kerkgebouw.
Toen de Fransen in juni 1672 onder generaal Turenne, Zaltbommel veroverd hadden en ook Maas en Waal werd bezet, zagen de katholieken de kans schoon om de kerk, die ze nog altijd als ‘hun’ kerk beschouwden, af te nemen van de Protestanten. Lang zal deze pret niet duren. In maart 1674 verlaten de Fransen Tiel en de oude toestand wordt hersteld.
Op 16 juni 1674 bepaalt Balthazar van Erp, ‘Staathelder des Ampts tusschen Maes en Wael’ dat het de ‘Roomsgezinden’ verboden is hun godsdienst openlijk uit te oefenen en dat hen niet meer wordt toegestaan dan datgene wat voor de oorlog gebruikelijk was. In Wamel moeten de predikant, de gereformeerde schoolmeesters en de koster in hun functies worden hersteld. De schout Dirk van Echteld moet persoonlijk de pastoor, de koster en de R.K. Gemeente bevelen dat zij binnen vier dagen de kerk, de kapel en de schoolhuizen en alle daarbij behorende goederen aan de predikant, de gereformeerde schoolmeester of koster moeten teruggeven. Dit bevelschrift in naam van stadhouder Willem III moest worden uitgevoerd door de vice-ambtman Balthazar van Erp, een goed katholiek. In dit bevelschrift wordt onder andere bepaald:
a.  de publieke uitvoering van de R.K. godsdienst  zal worden belet,
b. de stille godsdienstuitoefening wordt toegelaten op die plaatsen waarbij deze vroeger oogluikend werd toegestaan.
Mede als gevolg van deze gebeurtenissen werd de Wamelse pastoor met nog negen andere priesters uit de omgeving gedurende acht dagen gevangen gezet in het Huis te Leeuwen. Tegen betaling van een hoge boete werden ze vrijgelaten.
Tijdens het pastoraat van Joan Rancken die sinds 1672 tevens de parochie Dreumel waarnam en die ook in Leeuwen in de kerker gevangen gezeten had, stond Steven van Delen schuilkerken toe in Afferden en Wamel (1690).
Bij gelegenheid van de inzegening van de kloosterkerk in Megen verblijft bisschop Cools vier dagen in Megen waar aan 11.000 mensen het H. Vormsel wordt toegediend, waaronder ook veel Wamelse gelovigen. Volgens opgave van pastoor Johannes Petrus Robert van Doornik (1698-1718) telde onze parochie met inbegrip van het Zand in Leeuwen Beneden in 1706, 500 communicanten.
Zijn opvolger Gregorius van Oss (1718-1734) werd op 19 oktober 1731 gedwongen zijn bedehuis te sluiten dat op 8 mei 1732 weer open mocht worden gesteld. In juli 1732 werd hij gedurende een week in Wamel gevangen gehouden om na betaling van een aanzienlijk losgeld weer vrij te kunnen komen. Weer vrij man zijnde vertrok hij naar Emmerik waar vrijheid van godsdienst heerste.
Het is onduidelijk waar de katholieken vanaf 1609 tot 1700 gekerkt hebben. Er zijn echter aanwijzingen dat ze terecht konden in de kapel van een kasteel. Het zou dan het raadselachtige kasteel Pollenstein betreffen dat ergens in de buurt van de huidige Binnen Wiel gestaan moet hebben. Rond 1700 krijgen ze op de plaats waar voorheen het Clarissenklooster gevestigd was, van de Protestantse adellijke familie van Delen een schuur die werd ingericht als ‘schuurkerk’. Natuurlijk was dat niet voor niets, er moest wel huur betaald worden. In het voorhuis woonde de pastoor en het achterhuis bood plaats voor de kerkelijke vieringen. Deze schuurkerk stond ongeveer op de plaats waar nu de familie Den Bieman Vermeulen woont (Kerkstraat no. 27). In zo een woning, die zich in niets van de andere huizen mocht onderscheiden, werd de uitoefening van de Roomse eredienst min of meer officieel geduld. Wel zal er vooral in de eerste helft van de 18de eeuw nog wel het nodige smeergeld betaald zijn om daar min of meer openlijk kerkelijke diensten te houden. De naam Kerkstraat herinnert ons ook nu nog aan deze voor de Wamelse katholieken zo sombere tijd.

Op de kadastrale kaart uit 1821 zien we de schuurkerk en de pastorie in de Kerkstraat nog duidelijk aangegeven

Vanaf 1734 kwam de Wamelse zielzorg in handen van de wereldheren. Pastoor Paulus Henricus Paderborn (1734-1748) zal het Kerstfeest in 1740 wel op zeer bescheiden wijze hebben moeten vieren. Juist tijdens deze nacht begaf het de dijk onder Alphen. In plaats van het bijwonen van de nachtmis moesten de parochianen zich met hun vee en bezit in veiligheid stellen en met horden en palen naar de dijk komen om dit laatste toevluchtsoord zo veel mogelijk veilig te stellen. Pastoor Paderborn was een verstandig man. In 1742 vroeg hij de bisschop van Roermond dispensatie van de huwelijksbeletselen ten gunste van Remmert Mol en Mechelina Brans. Toevallig waren ze nog wat familie van elkaar maar Remmert was al vanaf zijn geboorte niet in tel en Mechelina heeft in geen 45 jaar een passend huwelijksaanbod gekregen. Zijn gedachtegang moet zijn geweest ’Laat die mensen nadat ze zoveel pech in de liefde hebben gehad nu eindelijk ook eens gelukkig worden’. Zijn opvolger pastoor Gosewinus van Linden (1748-1770) was eerder kapelaan in Puiflijk en pastoor in Balgooy geweest. Geen onbekende dus in het Maas en Waalse. In een brief aan zijn bisschop schrijft hij in 1760 over de vreselijke veepest die vele boeren ruïneert. Bovendien zijn vele akkers verwoest door maanden lange hoge waterstanden.
Dat het in het 18de eeuwse Wamel niet allemaal kommer en kwel was wordt wel bewezen als onder pastoor Schiks (1770-1828) de nieuwe Maas en Waalse dijkgraaf, Nicolaas Willen Baron van Delen, bewoner van de ‘Lakenburg’, in Wamel wordt ingehaald. Er bleek dichterlijk en muzikaal talent te zijn. Terwijl enige ‘jonge dochters’ een erelied aanhieven, vertoonde de belastinginner Brands ‘Koning David voor het Altaar’. Bij de kerk stond een grote ereboog voorstellende de Hollandse Maagd, compleet met speer en hoed. Het hele feest stond trouwens in het teken van Koning David. Uitgebeeld waren `David spelende op zijn harp’ en ‘David en Israël’. Ook bij de ‘Sterkenburg’ was een grote boog opgesteld met een ‘vlammend hart’. Hier speelde de kooiman, J. Sterkenborgh op zijn hobo. Het verhaal over deze plechtige intocht van Baron van Delen in Wamel is tevens het eerste teken van Wamelse culturele activiteiten dat bewaard is gebleven.
Pastoor Schiks heeft tijdens zijn 58 jarig durend pastoraat heel wat meegemaakt. In de zomer van 1780 heerste weer eens de veepest, die vooral de arme pachtboertjes ruïneerde. In de daarop volgende winter stierven er veel kinderen aan de kinderpokken terwijl in het najaar van 1781 tot overmaat van ramp ook nog de ‘rode loop’ (dysenthrie) uitbrak. Bovendien was in 1781 wat oostelijker van zijn schuurkerk de Waaldijk doorgebroken en ontstond daar de Binnen Wiel.
Als op 17 oktober 1794 de Fransen in grote getale bij Alphen Maas en Waal binnentrekken is het na 120 jaar van vrede weer oorlog. Maas en Waal is wederom frontgebied omdat de Franse troepen enkele maanden voor de Waal blijven steken. Het leed kan in die jaren niet op. In de nacht van 12 op 13 februari 1795 breekt de dijk in Alphen op acht plaatsen. Vier jaar later drijven er enorme ijsmassa’s dwars door het Maas en Waalse gebied. Een landelijke collecte ten behoeve van de overstroomde gebieden in het gebied van de grote rivieren levert het respectabele bedrag op van f 750.000.
De komst van de Fransen in Maas en Waal was voor de katholieken een welkome aanleiding om hun oude kerken weer eens op te eisen. De Wamelse katholieken waren hiertoe zelfs aangezet door de Franse generaal Pichegru die het maar een vreemde zaak vond dat in Wamel de grote kerk alleen in gebruik was voor een gering aantal Protestanten. Zelfs eiste men van de stokoude blinde dominee Noret dat hij zijn pastorie moest ontruimen maar zover is het niet gekomen.
Wel gaat er vanuit het Protestantse kerkbestuur een boze brief naar het comité van algemeen welzijn in Arnhem. In dit d.d. 31 maart 1795 gedateerde schrijven wordt gemeld dat de pastoor op zondag 22 februari 3 maal dienst gedaan heeft in de Protestantse kerk en dat Ds. Noret maar moest zien hoe hij in de tussentijd zijn gemeenteleden toe kon spreken. Hij had zijn dienst maar voortijdig beëindigd omdat de Roomsen met veel ‘gewoel en gedruis’ zijn woorden onverstaanbaar maakten.
Nadat de Roomsen al het koper van de preekstoel hadden verwijderd en de Bijbel en het psalmenboek zoek hadden gemaakt, gooiden ze eind maart ook nog de preekstoel buiten de kerk in de kalkkuil. Op 29 maart hielden de katholieken de eerste H.Mis weer in de Kerkstraat maar de Hoogmis werd in de Protestantse kerk gehouden. Dit ondanks het feit dat de Kerkstraat weer helemaal was droog gevallen.
Inmiddels zijn alle stoelen en banken uit de Protestantse kerk verwijderd, het was akelig om te zien. We lezen hierover: ‘We weten wel wie het gedaan heeft maar we hebben geen bewijzen’.
Gelukkig zijn er ook Roomsen die weigeren de diensten in de Protestantse kerk bij te wonen, zij zijn zo fatsoenlijk dat ze zich afkeren van deze gewelddadigheden. Het gezamenlijke Gereformeerde en Roomse gebruik van de grote kerk bleek geen succes. Op 10 mei 1795 worden de Roomse boeren, met de punt van de bajonet op hun boezeroen, gedwongen het altaar weer te verwijderen en de aangerichte schade te herstellen.
Op 21 december 1813 zag Wamel de laatste Franse soldaten wegtrekken richting Druten. Het Nederlands gezag werd hersteld maar niet in de vorm van voor de komst van de Fransen. Na ruim twee eeuwen van achterstelling kon het proces van de gelijkberechtiging van de Katholieken beginnen.