Al voor 1795 had pastoor Schiks een eigen pastoriehuis laten bouwen naast zijn schuurkerk. Voorheen woonde de pastoor in het voorste gedeelte van zijn ‘Kerk’ en was alleen de ‘deel’,  beschikbaar voor de kerkdiensten. Nu kon het gehele gebouw daarvoor gebruikt worden. Uiteraard was dit geen afdoende oplossing. Het schuurkerkje bleef te klein en te primitief, bovendien lag het daar in de Kerkstraat alles behalve centraal.
Aan deze toestand kwam een eind toen koning Willem I in 1825 ook voor Wamel een subsidie van ƒ 10.000,= beschikbaar stelde voor een nieuwe echte parochiekerk. Deze waterstaatskerk, zo genoemd omdat de subsidiegever, het ministerie van Waterstaat die het ontwerp moest goedkeuren, werd gebouwd ongeveer op de plaats waar ook thans nog de R.K. Kerk staat. Het kerkbestuur had op dit mooie punt aan het eind van de Dorpsstraat een oude boerderij aangekocht met schuur en bijliggende moestuin. De plechtige ingebruikname van de kerk vond plaats in december 1828. De eerste H.Mis in deze Waterstaatskerk was tevens de plechtige uitvaart van de 95 jaar oude pastoor Schiks die 52 jaar lang pastoor van Wamel was geweest.
De bouwmeester van de kerk meester-timmerman Gradus de Haas schonk een der zijaltaren, de Protestant  A. van Wessem gaf het zware eikehout cadeau voor de communiebank. Maria de Haas de vrouw van kerkmeester H.W. v.d. Sijp en zus van Gradus de Haas geeft het tweede zijaltaar. Hermanus de Jong schenkt een grote zilveren kelk met fraaie ampullen.
Na zijn dood schenkt de weduwe van Hermanus de Jong, Mevr. De Jong van Swamm, een gouden kruis met ketting om rond het beeld van Onze Lieve Vrouw te hangen.
Op 11 December 1834 is er een grafsteen gelegd op het graf van pastoor Schiks, die voor de communiebank was begraven. Deze zerk was op aanwijzing van pastoor A. Janssen en de kerkmeester H. v.d. Sijp opgegraven uit de moestuin van de Weduwe Sas uit de Kloosterstraat en had gediend als grafzerk van een van de kloosteroversten van de Mariënhof. In het betreffende graf werden nog enige beenderen gevonden die toen onder het hoofdaltaar opnieuw zijn begraven. Het graf van pastoor Schiks met daarop de Middeleeuwse grafsteen is nooit meer teruggevonden.

Dit is waarschijnlijk de oudste foto van Wamel. Aan het eind van de Dorpsstraat ziet men met het torentje de “Koepelkerk” die in 1828 gebouwd werd. De foto moet gemaakt zijn vóór het najaar van 1878, want toen werd begonnen met de bouw van de nieuwe kerk.

Pastoor Schiks’ opvolger, pastoor Arnold Janssen (1828-1854), was Nijmegenaar van geboorte. Hij was 34 jaar toen hij de leiding van de parochie Wamel op zich nam. In het parochiememoriaal tekent hij aan:
‘Tot het jaar 1796 bestond de parochie van Wamel uit geheel de gemeente Wamel en half Leeuwen en strekte zich uit tot die straat waar thans de R.K. Kerk van Leeuwen is gebouwd. In 1796 werd Leeuwen een eigen parochie, zodat thans de parochie van Wamel zich uitstrekt van de Wamelse paal op de dijk geplaatst, die Leeuwen van Wamel scheidt tot de scheidspaal van Dreumel. Voor de reformatie had de gemeente Wamel een grote en schone kruiskerk, waarvan thans nog een gedeelte bestaat, waarin Protestanten hunnen godsdienst uitoefenen.’
Voor een goed begrip van de situatie moeten we hier bedenken dat er in die tijd nog geen sprake was van Boven of Beneden Leeuwen. Tot 1796 vormde Puiflijk samen met het oostelijke deel van Leeuwen (het huidige Boven Leeuwen) een parochie met de kerk in Puiflijk. Het andere deel, ongeveer vanaf de huidige Waterstraat in Boven Leeuwen, viel onder de parochie Wamel. Het is dan ook niet verwonderlijk, dat de schuurkerk aanvankelijk zo aan het oostelijke randje van Wamel lag, dat was gunstiger voor de mensen die uit Leeuwen moesten komen. In 1800 kreeg Leeuwen een eigen kerk en werden de delen van Leeuwen die tot 1796 bij de parochies Wamel en Puiflijk gehoord hadden, samengevoegd tot een eigen parochie. Eerst in 1900 werd de parochie Leeuwen opgesplitst in twee parochies en ontstonden er eigenlijk twee dorpen: Boven Leeuwen en Beneden Leeuwen. Als zelfstandige gemeenschappen zijn deze plaatsen dus pas een kleine negentig jaar oud.
Tot het jaar 1851 bewoonde Arnoldus Janssen nog het pastoriehuis in de Kerkstraat, de zogenaamde ‘Kerkenhoek’. In 1851 werd bij de Waterstaatskerk ook wel het ‘Koepelkerkje’ genaamd, een nieuwe pastorie gebouwd, de bouwkosten bedroegen ongeveer 6000 gulden. Deze pastorie stond niet op de plaats van de huidige pastorie maar aan de noordzijde van het kerkterrein, tegenover de plaats waar nu het bedrijf van de Gebroeders Gremmen staat, ter hoogte van het achterste deel van de huidige kerk.
In 1849 richtte pastoor Janssen het genootschap op van de H. Familie. Toen pastoor van Bakel in 1946 de H. Familie ophief ontlokte dat aan een parochiaan de opmerking ‘Jammer, het brak zo mooi de zondag’.
Op 60 jarige leeftijd nam pastoor Janssen ontslag en vestigde zich als rustend priester in Druten waar hij in 1862 overleed. Pastoor van de Burgt in 1810 geboren te Uden was vanaf zijn 25ste jaar professor geweest aan de Hoge School te Uden en sinds 1842 ook kapelaan. Zijn pastoraat in Wamel duurde amper een jaar en in 1855 keerde hij weer terug naar zijn geliefde Uden als rustend priester. Ook zijn opvolger Henricus van de Heuvel (1855-1864) kon klaarblijkelijk in Wamel niet wennen. In 1864 vroeg hij overplaatsing aan naar Haren (N.B.). In 1860 werd er in Wamel bij de bestaande kerk een kerkhof aangelegd ‘afzonderlijk voor de Katholieken’. Waarschijnlijk werden tot 1860 ook de Katholieken begraven op wat thans het Protestantse kerkhof is maar wat vroeger dienst deed als een algemeen kerkhof waar zowel de Protestanten als de Katholieken werden begraven. Willem Blankers schonk 200 gulden voor de aankoop en plaatsing van het kruis met de beelden van Maria en Johannes op de Calvarieberg. Het corpus van het betreffende kruis staat nu nog opgesteld tegen de achtermuur van onze huidige kerk.
Het fraai gesmede ijzeren hek aan de zuidelijke toegang was een geschenk van G. v.d. Sijp uit Rotterdam, de man die ook de hardstenen marktpalen leverde en die een broer was van wethouder Van der Sijp (zie ook het hoofdstuk over de markten). De kosten bedroegen f 200.-. De vreugde over de aanleg van het eigen kerkhof voor de Katholieken was voor de Wed. Francis van der Wielen aanleiding om ter versiering van het beeld van de moeder Gods een gouden ketting met kruis te schenken. Twee jaar later schonk ook de Wed. De Jong een gouden ketting voor het Mariabeeld. Dat moet een nazaat geweest zijn van de reeds eerder genoemde weduwe van Hermanus de Jong. Het Mariabeeld moet dus behoorlijk met gouden kettingen behangen geweest zijn.
Pastoor Johannes Henricus van Valkenburg (1864-1873), geboren in Gemert, werd op 45 jarige leeftijd pastoor van Wamel. Pastoor Van Valkenburg stelde elk jaar 25 gulden beschikbaar voor het aankleden van zeer arme kinderen bij gelegenheid van hun Eerste Heilige Communie. Hij wilde daarmee voorkomen dat hun jurkjes of pakjes al te zeer zouden afsteken bij de kleding van de kinderen van meer welgestelde ouders. Zo moesten er bijvoorbeeld in 1872 13 kinderen worden ‘gekleed’. Het goede voorbeeld van de pastoor had tot gevolg dat ‘meerdere liefdadige personen’ er voor zorgden dat ze allen in feestelijke kleding hun communiefeest konden vieren. Ook was de Wamelse pastoor een trouw bezoeker van de vele kinderrijke arme gezinnen.
Eens was hij ziek en moest de kapelaan dit werk overnemen. Toen hij, voor het eerst na zijn ziekte, weer de Pellegemeente (thans voorste deel Viaductstraat) bezocht, hadden de huismoeders planken gelegd over de vele plassen in de straat zodat hun geliefde herder met droge voeten de gebruikelijke zilveren rijksdaalders uit kon delen.
Hij stierf, diep betreurd door zijn parochianen, op 24 november 1873, slechts 53 jaar oud. Tijdens zijn pastoraat is ook een stenen muur gebouwd rond de pastorie tuin. Voor 137 gulden verving metselaar J. van Haren de bestaande houten schutting door een stevig muurwerk.
In 1872 werd bij de ijzeren poort aan de zuidzijde van het kerkhof een knekelhuisje gebouwd.
Van Valkenburgs opvolger was Antonius Johannes Verhoeven (1873-1879). Pastoor Verhoeven was geboren in Heusden en was sinds 1859 kapelaan geweest in Grave. De 49 jarige pastoor kreeg al gauw te maken met een drietal moeilijke problemen. Op 12 juni 1874 brandden er in de Kloosterstraat 21 woningen, bijna alle met riet gedekt, tot de grond toe af, 32 huisgezinnen moesten elders worden ondergebracht.

In deze straat, de Kloosterstraat, brandden in 1874 vrijwel alle huizen af. Men keek toen uit op de “koepelkerk”. Ook tijdens de laatste fase van de Tweede Wereldoorlog werd dit gebied zwaar getroffen, omdat het in het schootsveld lag van de beschietingen op de kerk.

Het vuur was ontstaan in het huis waar nu de familie Van de Hurk woont (de noordelijke hoek St. Victorstraat Kloosterstraat). Binnen een uur lag de hele Kloosterstraat plat. Het vuur kon zich via de rieten daken en aangewakkerd door een felle noordenwind snel over de omliggende huizen verspreiden. Het was alsof alle huizen tegelijkertijd in vuur en vlam stonden. Zelfs het meest noodzakelijke ging verloren. Samen met burgemeester J.J.H. van Delen en Ds. A. Verkouw nam pastoor Verhoeven zitting in een comité dat moest voorzien in de aller voornaamste behoeften van de noodlijdenden. Vooral kleding, tijdelijk onderdak en beddegoed waren nodig. Een maand na de brand waren de meeste puinhopen geruimd. Hier en daar werden al nieuwe funderingen gelegd en er waren zelfs al enkele deuren en ramen gesteld. Alle slachtoffers van de brand hadden een voorlopig onderdak gevonden maar met veel zorg zag men de winter tegemoet omdat de voorlopige onderkomens zeker niet berekend waren op herfst en winterweer. Het was gewenst de financiële hulp tijdens de zomermaanden tot het aller noodzakelijkste te beperken zodat er tijdens de wintermaanden niet al te veel koude geleden zou worden. Bij de opbouw van de Kloosterstraat was er voortdurend sprake van onoverkoombare twisten over de verdeling van de grond. Van een regelmatige opbouw was daarom geen sprake.

In 1875 zal Pastoor Verhoeven wel zeer verrast hebben opgekeken, toen de Leeuwenaar Johannes van Wolferen hem aanbood om in Wamel een klooster te stichten. Van Wolferen had in Wamel van de geneesheer A.N. Brands een dubbel woonhuis met omliggende tuin en boomgaard geërfd, zeer gunstig gelegen in de kom van het dorp. Volgens hem een ideale plaats voor een ‘Liefdegesticht’ waarin niet alleen de armen en bejaarden van Wamel een goede verzorging zouden genieten maar waar vooral ook de Katholieke meisjes gedegen Rooms onderwijs konden ontvangen, waaraan het in de Openbare school maar al te veel ontbrak.
Een moeilijkheid was wel het feit dat het kerkbestuur ook van plan was om binnen vier jaar te beginnen met de bouw van een nieuwe kerk. De financiële lasten mochten niet te hoog oplopen, maar anderzijds was het aanbod te mooi om af te wijzen. Daarom stelde pastoor van Wolferen voor de zaak te overleggen met Henricus van Beers, de voorzitter van de Vincentiusvereniging. Bij een voor dit doel gehouden collecte bleek dat de inwoners van het Leeuwense Zand de beurs dicht hielden. Wat hadden zij voor voordeel van een Liefdegesticht dat in de kom van Wamel zou worden gebouwd ? Meer succes was er in Wamel zelf.
Mr. Antonius Schouten, de gebroeders Van Weerdenburg, de kerkmeester Jonas Elsen, de weduwe Joanna Blankers van Beers en Henricus van Beers tekenden elk voor 500 gulden in. Voor 400 gulden tekenden in de gebroeders Roefs en de kinderen Van der Wielen, terwijl Notaris Antonius Hengst goed bleek voor f 300,=. Toen ook door bemiddeling van de kapelaan Johannes van der Sijp en Henricus van den Heuvel zich voor 400 gulden mede garant stelden, werd de bisschop op de hoogte gesteld van deze gunstige ontwikkeling. De slotzusters van de Franciscanessen van Oirschot hadden inmiddels al vijf zusters toegezegd voor de instandhouding van een bewaar- en handwerkschool. Ondertussen begon van Wolferen allerlei voorwaarden te stellen. Het begon in het klein; als stichter van het ‘Liefdehuis’ wilde hij een eeuwigdurend plechtig jaargetijde. Ook wilde hij als zodanig bij ‘zijn’ klooster een grafmonument hebben. Erger werd het toen hij van het door hem geschonken bezit een behoorlijke rente opeiste. Toen hij ook nog de voorwaarde ging stellen dat er een behoorlijk kapitaal gereserveerd moest worden voor de instandhouding van het klooster dat in 1880 moest zijn voltooid, was voor de bisschop de maat vol. Pastoor Verhoeven moest van Wolferen meedelen dat hij maar afzag van het hartelijk gemeende aanbod. De pastoor deed geen moeite zijn bisschop op andere gedachten te brengen, te meer niet omdat al te veel gegoede parochianen ter bevordering van dit Liefdewerk niets hadden over gehad. Boos schrijft hij in zijn parochiememoriaal: ‘Ik heb ze hierover vanaf den predikstoel terdege onderhouden’. Alleen de weduwe Blankers bleef het ideaal trouw. Toen zij in 1900 op 85 jarige leeftijd overleed was er dan wel geen klooster maar wel het fonds ‘Liefdegesticht’ met een kapitaal van f 7700,=. Het zou nog tot 1936 duren voordat ook Wamel zijn ‘Liefdegesticht’ officieel in gebruik kon nemen. De naam gesticht klonk al te ouderwets en onvriendelijk, ‘Huize St.Henricus’ klonk heel wat deftiger en moderner.
Inmiddels begon de in 1829 gebouwde waterstaatskerk, in de volksmond ook wel ‘Het koepelkerkje’ genoemd, steeds meer tekenen van verval te vertonen. Vooral het koepelachtige torentje met daarop het al te zware ijzeren kruis moest het, vooral tijdens stormachtig weer, ontgelden. De plafonds stonden nog niet op instorten maar de vele scheuren beloofden weinig goeds. Erger werd het toen ook een zijmuur ging verzakken. Bovendien stond Maas en Waal in die tijd in het teken van de kerkebouw. Maasbommel,Batenburg, Druten en Dreumel waren al sinds enkele jaren Wamel voorgegaan.